На следующий день вместе с основными частями армии в город въехал сам Наполеон. По свидетельству московского француза аббата Сегюра, настоятеля французской католической церкви Святого Людовика, пожар в Москве начался уже в ночь со 2 на 3 сентября, одновременно в Гостином дворе на Ильинке и на Солянке. 3 сентября он стал быстро распространяться благодаря сильному ветру. Зарядье заполыхало одним из первых и за несколько дней превратилось в пепелище со стоящими тут и там обгорелыми остовами каменных зданий.

После оставления французами опустошенной и полуразрушенной Первопрестольной в 1813 году указом императора Александра I была учреждена Комиссия о строении в Москве. В 10–20-х годах XIX века городской архитектурный облик Москвы и Зарядья в частности изменился так быстро, как никогда прежде. Руководил реконструкцией архитектор Осип Бове. Источником типовых проектов фасадов зданий стали альбомы «образцовых фасадов», выпущенные в 1809–1810 годах Министерством внутренних дел для использования застройщиками по всей территории империи. Эти альбомы содержали проекты фасадов зданий самого разного размера и назначения, от дворцов, двух-, трех- и четырехэтажных доходных домов с магазинами, мастерскими и лавками до каретников, конюшен и амбаров. Для частных застройщиков были организованы ссуды в Опекунском совете. В ведении Комиссии о строении в Москве находилось пять кирпичных заводов, товар с которых отпускался застройщикам с рассрочкой.

После пожара 1812 года остовы большинства каменных зданий в Зарядье, в том числе каменных и кирпичных палат XVI–XVII веков, сохранились благодаря добротной кладке и были использованы при возведении новых построек. В результате многие подклеты, стены и своды старых, допетровских палат — Английского двора, палат Романовых на территории Знаменского монастыря, палат на углу Зарядьевского и Ершова переулков и палат у церкви Николы Мокрого — оказались до неузнаваемости перестроены и скрыты под типовыми неоклассическими фасадами первой половины XIX века.

В процессе реконструкции путем подсыпки земли сносимых валов была значительно выровнена и выпрямлена до того кривая и извилистая Варварка. Тогда же, в 1819 году, для расширения проезда с Москворецкой улицы на еще деревянный Москворецкий мост были снесены древние Водяные, или Москворецкие, двухпролетные ворота Китай-города с частью Китайгородской стены. В середине 1820-х годов на месте земляных бастионов и рвов был устроен Китайгородский проезд, несколько более широкий, чем сейчас. В то время он назывался Китайским. Вдоль стены были высажены деревья. Отремонтированные башни Китай-города вдоль проезда были выбелены известью.

Первоначальный план реконструкции Москвы, разработанный архитектором Вильямом Гесте, предусматривал перенос лабазов (кирпичных и деревянных сараев для оптовой торговли зерном, которые лепились к Китайгородской стене) в другое место. Однако городское начальство в лице главнокомандующего Ростопчина, защищавшего интересы хозяев лабазов, крупных помещиков, было не согласно с архитектором. Ростопчин предложил построить новые хлебные лавки «задом к Китайской стене», выработав для них приемлемый шаблон фасада, «приведя их наружностью в вид, соответствующий древности стены и укреплению величественной цитадели». Гесте был отстранен от проекта, а новый руководитель Осип Бове на основе принятых тогда образцовых фасадов в стиле ампир разработал общий шаблонный проект хлебных лабазов. К 1820 году по этому шаблону была застроена вся внешняя сторона Китайгородской стены вдоль набережной, практически скрыв ее из виду на целое столетие.

В 1823–1824 годах была проведена реконструкция Кремлевской и Москворецкой набережных. Стенки набережных облицованы тесаным камнем, на Москворецкой набережной в районе Зарядья сделаны лестницы и съезды к реке для забора технической воды для тушения пожаров и выгрузки прибывающих по реке грузов, в первую очередь зерна для оптовой торговли им в этих самых лабазах по Москворецкой набережной Зарядья. После реконструкции набережной вдоль нее был высажен ряд деревьев.

Серьезной трудностью для жителей Зарядья той поры был доступ к питьевой воде.

До этого по городу разъезжали водовозы, привозившие питьевую воду в бочках и продававшие ее за деньги. Многие горожане рыли на своих участках колодцы. Московский водопровод начала XIX века с помощью системы водонапорных сооружений, акведуков и труб снабжал питьевой водой из подмосковных источников сеть фонтанов, расположенных на улицах и площадях города. В этих фонтанах и бассейнах московские обыватели и прислуга черпали воду для приготовления пищи и других насущных нужд, относя ее домой в ведрах. Часто за водой приходилось ходить довольно далеко и стоять в очередях. Пока не во всех районах были устроены водопроводные фонтаны, жители продолжали по старинке покупать чистую воду у водовозов. Один из городских фонтанов, питающихся водой Мытищинского водопровода, был устроен в 1843 году в Зарядьевском переулке и, по воспоминаниям современников, «представлял вид раковины, приделанной к стене» одного из домов. До этого в течение 10 лет ближайшим к Зарядью бесплатным общественным источником чистой воды был водоразборный фонтан на Варварской площади. Кроме того, в Зарядье были колодцы на территории некоторых частных владений, церковных подворий и храмов, среди которых особенно известным был древний колодец Знаменского монастыря. Вода в нем по каким-то причинам имела солоноватый вкус, из-за чего даже после появления в Зарядьевском переулке общественного фонтана местные домохозяйки предпочитали использовать ее для заготовки на зиму огурцов и других солений.